A labdarúgó-világbajnokságok 1930 óta íródó történelmében első ízben fordul elő, hogy egy afrikai ország ad otthont a legrangosabb labdarúgó eseménynek.
Az 1934-es labdarúgó-világbajnokság óta először vett részt a rendező ország is a selejtezőkörben, mivel az afrikai zóna világbajnoki-selejtezője egyben a 2010-es afrikai nemzetek kupájának-selejtezője is, amelynek Angola ad majd otthont.
Comore-szigetek nemzeti labdarúgó-válogatottja első alkalommal indult a selejtezőkön, míg a Közép-afrikai Köztársaság nemzeti labdarúgó-válogatottja sorozatban másodszor lépett vissza játék nélkül a világbajnoki-selejtezőktől.
A nevezett afrikai nemzeti válogatottak kiemelését a 2007. júliusi FIFA-világranglista alapján végezték. Az 1. fordulóban a 10 legrosszabb helyen rangsorolt válogatottat párosították, akiknek oda-visszavágós rendszerben kellett megmérkőzniük egymással.
Mivel São Tomé és Príncipe és Közép-Afrika nemzeti labdarúgó-válogatottjai a selejtezők megkezdése előtt visszaléptek, ezért az 1. forduló két legjobb helyen rangsorolt válogatottja Seychelle-szigetek és Szváziföld erőnyerővé lépett elő, és automatikusan a második körbe került, ellenfeleiket pedig összepárosították egymással.
1: A szomáliai politikai helyzet miatt nem volt biztonságos egy selejtező mérkőzés megrendezése, ezért a két ország labdarúgó-szövetségei megegyeztek, hogy csak egy mérkőzés döntsön a továbbjutás sorsáról, Dzsibutiban.
Az új párosítások győztes csapatai a 2. fordulóba léptek.
Az 1. forduló párosításainak győztes csapatai csatlakoztak a 45 kiemelt afrikai válogatotthoz. A 48 nemzeti válogatottat 12, egyenként 4 tagú csoportba sorsolták, ahol a csapatok körmérkőzéses rendszerben mérkőznek meg egymással. A csoportok első helyezett válogatottjai, illetve a 8 legjobb csoportmásodik kerül a 3. fordulóba.
Az afrikai zóna 2. fordulójának kiemelését a 2007. novemberi FIFA-világranglista alapján végezték. Az egyes csoportokba minden kalapból egy-egy csapat került.
A 12 csoportgyőztes mellett a 8 legjobb csoportmásodik jutott a következő fordulóba. Az igazságos elszámolás érdekében – mivel a 11. csoport háromtagú volt – a csoportok negyedik helyezettjei ellen elért eredményeket nem vették figyelembe.
A 2. fordulóból továbbjutó 20 nemzeti válogatottat öt, egyenként 4 csapatos csoportba sorsolták. A csoportok győztesei jutottak ki a 2010-es labdarúgó-világbajnokságra, míg a csoportok első három helyen végzett nemzeti válogatottjai szereztek jogot a 2010-es afrikai nemzetek kupáján való részvételre, amelyet Angolában rendeznek.
Az afrikai zóna 3. fordulójának kiemelését a 2008. októberi FIFA-világranglista alapján végezték. Az egyes csoportokba minden kalapból egy-egy csapat került.